В 1930 году собор закрыли. Его планировалось снести как не представляющий ни исторической, ни художественной ценности. С 1930х годов здание стало использоваться как склад, в результате оно сильно пострадало. В 1941-1942 годах сюда свозили тела погибших во время блокады Ленинграда. После Великой Отечественной войны храм использовался для хранения декораций Малого Оперного театра.
Под охрану государства собор берется в 1968 году. В 1970 году собор передали в качестве филиала музею "Исаакиевский собор". С 1974 по 1991 год храм реставрировался, всё это время он стоял в строительных лесах. В связи с этим возникли истории, схожие с разговорами о строительных лесах Исаакиевского собора. Говорили что леса стоят до тех пор, пока стоит советская власть. Разобрали их незадолго до августовских событий в Москве в 1991 году. Открыт для посетителей собор был 19 августа 1997 года.