Арест и работа в тюремном КБ
В ноябре 1929 года был арестован ОГПУ по обвинению в «участии в контрреволюционной вредительской организации» и без суда приговорен к смертной казни. После двух месяцев ожидания расстрела, в декабре того же года (без отмены или изменения приговора) его направляют в «шарашку» — Особое конструкторское бюро (ЦКБ-39 ОГПУ), организованное в Бутырской тюрьме, а затем переведенное на Московский авиазавод № 39 им. В. Р. Менжинского.
Да извиняюсь,просто его посадили раньше всех и выпустили раньше всех-это я как то упустил,считал что авиационные шараги начались с Туполева,ошибался.Здесь совместно с Д. П. Григоровичем в 1930 году он разработал истребитель И-5, который находился на вооружении 9 лет. В 1931 году коллегия ОГПУ [1] приговорила Поликарпова к десяти годам лагерей. Но после удачного показа Сталину, Ворошилову и Орджоникидзе самолета И-5, (пилоты — Чкалов и Анисимов), было решено считать приговор в отношении Поликарпова условным. В июле того же года Президиум ЦИК СССР принял решение об амнистии группы лиц, в том числе Поликарпова. Только в 1956 году — через 12 лет после смерти конструктора — Военная коллегия Верховного Суда СССР отменила прежнее решение Коллегии ОГПУ и прекратила дело в отношении Поликарпова.