В 1990 году Зелимхан Яндарбиев убедил Дудаева в необходимости вернуться в Чечню и возглавить национал-революционное движение. В июне 1991 года Дудаев возглавил Исполнительный комитет Общенационального Конгресса чеченского народа (ОКЧН). Дудаев и Исполком ОКЧН занимались формированием параллельных органов власти в Чечено-Ингушской АССР.
23-25 ноября 1990 года в Грозном прошел Чеченский национальный съезд. Съезд избрал Исполнительный комитет, впоследствии преобразованный в Исполнительный комитет Общенационального конгресса чеченского народа (ОКЧН). Председателем его стал генерал-майор Джохар Дудаев. Съезд принял декларацию об образовании Чеченской Республики Нохчи-Чо. [1]
В начале сентября 1991 года встал во главе митинга в Грозном, требовавшего роспуска Верховного Совета ЧИ АССР в связи с тем, что 19 августа партийное руководство в Грозном поддержало действия ГКЧП. 5 сентября Верховный Совет ЧИ АССР был разогнан вооружёнными сторонниками ОКЧН.
1 октября 1991 года решением Верховного совета РСФСР Чечено-Ингушская Республика была разделена на Чеченскую и Ингушскую Республики (без определения границ). Решение послужило катализатором национально-криминальных процессов и привело к многочисленным вооружённым столкновениям. Территориальный спор с Ингушетией.
27 октября 1991 года избран президентом Чеченской Республики. С его молчаливого одобрения начался геноцид русского населения в Чечне.
1 ноября 1991 года своим первым декретом провозгласил независимость Чеченской Республики Ичкерия (ЧРИ) от Российской Федерации, что не было признано ни российскими властями, ни какими-либо иностранными государствами.
7 ноября 1991 года президент России Борис Ельцин издал указ о введении в Чечено-Ингушетии чрезвычайного положения. В ответ на это, Дудаев ввёл на её территории военное положение. Верховный Совет России, где большинство мест было у противников Ельцина, не утвердил президентский указ, поддержав самопровозглашённую республику.
Дудаев заявил, что Чечня сядет за стол переговоров с российским руководством только в том случае, если Москва признает её независимость, таким образом заведя возможные переговоры в тупик.
12 марта 1992 года Парламент Чечни принял Конституцию республики, объявив Чеченскую Республику независимым светским государством. Чеченские власти, почти не встречая организованного сопротивления, захватили вооружение российских воинских частей, дислоцированных на территории Чечни.
17 апреля 1993 года Дудаев распустил Кабинет министров Чеченской Республики, Парламент, Конституционный суд Чечни и Грозненское городское собрание, ввёл на всей территории Чечни прямое президентское правление и комендантский час.