Иначе бы сторили новые атомные тяжелые крейсера, а не модернизировали старые.
Модернизация касается систем вооружения. Это нормально. И навигации. И системы достаточно унифицированы. С "Уралом" сие не прокатит в силу уникальной уёбищности проекта.
Да полно тебе - есть огромный корабль и куча пустых помещений (точнее если бы так было...). Ставь туда любые новые системы электроники.
Да и новый реактор поставить было бы несложно - аварий никаких ведь не было. Опять таки - если бы атомное министерство было бы дееспособным.