Фамилия Ермака не установлена, однако в те времена, да и гораздо позже многие русские именовались по отцу или по кличке. Его величали либо Ермаком Тимофеевым, либо Ермолаем Тимофеевичем Токмаком.
Читал, что фамилия у Ермака была. Но нецензурная - а именно, Хуев. Поэтому-то её нигде и не упоминают.
Ещё вариант мне встречался - фамилия Ермака - Аленин.