За счет скорости. Чем выше скорость - тем дороже каждый километр, и не только по липиздричеству.
Дополнительно - за счет более продвинутых (и более дорогих по амортизации) вагонов, более высокой зрялаты персонала (аккуратно входящей в те же вагонокилометры) и т.д. Во всяком случае, вагон "правильного" фирменного поезда отличается от вагона третьесортного бомжатника на колесах достаточно однозначно, а уж как администрация ЖД этого добивается - то дело десятое, но ежу понятно, что любой дополнительный комфорт имеет свою себестоимость.