В составе Токийского университета — объединенный колледж гуманитарных и естественных наук, а также 9 факультетов (права, медицины, инженерно-технических наук, гуманитарных наук, естественных наук, сельского хозяйства, экономики, педагогический и фармацевтический) и 11 последипломных школ (аспирантур).
При университете
11 исследовательских институтов:
изучения землетрясений, историографии,
ядерных исследований, физики твердого тела, прикладной микробиологии, промышленности, журналистики, медицинских наук (1892), востоковедения, социальных наук, космоса и аэронавтики, океанологии. Среди них всемирно известные Центр
исследования атмосферы, Международный центр физики элементарных частиц, Центр компьютерного дизайна. В библиотеке университета (основана в 1877) около 4 млн. томов. Ботанический сад, экспериментальная станция ландшафтного дизайна.