какие-то проблемы?
да, я хочу поставить столько этих сраных директ-иксов, сколько их требуется, чтобы не поганить работу давно установленных программ, которая меня устраивает безо всяких обновлений. а если захочу сэкономить место, да зарадибога, как-нибудь сам укажу нескольким пакетам использовать одну копию. и сам как-нибудь разберусь с последствиями, потому что это ответственность реально управляемая, а не безальтернативно-навязанная.
вопрос тут ставится иначе: какого хрена какая-то отдельная хреновина принудительно обновляет ЧУЖИЕ системные библиотеки, которыми пользуется вся общага. вот эта идиотская практика и дырявит систему. причем, заметь, обновляет не потому, что она лично такая глючная и вредоносная, а потому, что такова общепринятая практика, продиктованная архитектурой ОС -- не просто допустимая, а фактически, навязанная разработчикам.