они вдвоём пользуют какой-то системный файл, который каждая перекраивает под себя.
Это не проблема операционки. Это проблема игрушек. Сделаешь ОС защищённую от "не моего функционала" - будет тоже самое, потому что и той, и другой игрушке разрешаешь делать <нечто> с файловой системой.
И эта, думаешь, что в Linux по-другому?
Это ошибки прикладных программистов.
Это проблема именно операционки.
Должен быть набор библиотек (программ) операционки, который пользуется без права изменения. Любые другие библиотеки каждая программа должна держать у себя и не лезть к соседям.
Мнение автора может не совпадать с его точкой зрения
"Мы зачастую ждем от демократии тех вещей, для которых демократия не создана, в 1990-е годы люди перепутали демократию и понятие благополучия" (С) Д.А. Медведев