Сравнивать восстание Пугачева (или любые другие народные восстания внутри России) некорректно - это события совершенно разного содержания и масштаба.
Безусловно восстание по типу Пугачевского незаконно (по законам того времени) и должно подавляться в любой стране и в любом времени.
Но главное в том что это восстание не ставило своей целью создание системы лагерей для уничтожения собственного народа в подавляющем своем числе ни в чем не виновного - как это было при сталинщине.
Теперь о системе подавления - о которой вы упомянули. Как я уже сказал вначале она безусловно должна быть. Незаконные действия должны подавляться.
Но сталинская система подавления действовала и при отсутствии каких-либо восстаний - она просто однажды будучи заведена без смерти своего пахана остановиться уже не смогла. Поэтому сталинщина не была системой подавления - она была системой истребления [собственного народа].