В сентябре 2012 года власти России уведомили США о своем решении прекратить деятельность USAID на территории Российской Федерации[11]. Суть претензий Москвы к организации обнародовал представитель МИД России Александр Лукашевич[12][13]:
«Характер работы представителей Агентства в нашей стране далеко не всегда отвечал заявленным целям содействия развитию двустороннего гуманитарного сотрудничества.
Речь идет о попытках влиять через распределение грантов на политические процессы, включая выборы различного уровня и институты гражданского общества. Серьезные вопросы вызывала активность AMP в российских регионах, особенно на Северном Кавказе, о чем мы неоднократно предупреждали наших американских коллег»
Согласно отчёту, опубликованному на сайте самого агентства, помощь АМР США, в частности, имела непосредственное влияние на принятие в 2001 году Земельного кодекса России, позволившего покупать, продавать и владеть земельной собственностью, а также повлияла на разработку проектов Конституции России, первой части Гражданского кодекса РФ и Налогового кодекса Российской Федерации[14].
Москва дала срок до 1 октября, чтобы агентство закрыло свои российские офисы. 18 сентября 2012 года США объявили о сворачивании деятельности в России. Представитель госдепартамента США
Виктория Нуланд заявила по этому поводу[4]:
Мы очень гордимся тем, чего достигло USAID в России за последние два десятилетия. <…> Хотя физическое присутствие USAID в России подошло к концу, мы по-прежнему привержены задаче поддержки демократии, прав человека и развития здорового гражданского общества в России. Мы стремимся продолжать сотрудничество с российскими неправительственными организациями.
В то же время, по информации газеты «Коммерсантъ», госсекретарь США Хиллари Клинтон направила главе российского МИДа Сергею Лаврову письмо, в котором попросила российские власти продлить до мая 2013 года срок работы представительства АМР[13].
Российские правозащитники высказали обеспокоенность прекращением деятельности АМР США в России[4]. А в ряде организаций, получающих финансирование по линии агентства, не исключили сворачивания своей деятельности[13].