Секс, играющий центральную роль в их социальной жизни, заменяет и вытесняет агрессию в сообществе бонобо. Половой акт играет важную роль в обществе бонобо, которые находятся в неволе, он используется в качестве приветствия, средства формирования социальных связей, средства разрешения конфликтов и постконфликтного примирения[13]. Бонобо являются единственными обезьянами, которые участвуют во всех сексуальных позициях и видах секса: лицом к лицу генитального секса (хотя пара западных горилл также была сфотографирована в этой позиции[14]), поцелуи с языком, оральный секс[15]. В научной литературе поведение самки с самкой, которые касаются половых органов друг друга, часто называется GG-трение, или генитально-генитальное трение. Сексуальная активность происходит в присутствии сообщества, но иногда и за его пределами. Бонобо не образуют постоянных моногамных сексуальных отношений с отдельными партнёрами. Кроме того, они, кажется, не различают в своём сексуальном поведении пола и возраста, за исключением воздержания от половых сношений между матерями и их взрослыми сыновьями. Когда бонобо находят новый источник пищи или кормежки, увеличение радости от этого, как правило, приводит к общей сексуальной активности, по-видимому, таким образом снижая напряженность и содействуя мирному питанию[16].
Самцы бонобо между собой время от времени участвуют в различных формах полового поведения[16][17]. В одной форме двое самцов висели на ветке дерева лицом к лицу и занимались фехтованием пенисов[18][16]. Также наблюдалось, когда двое самцов трутся пенисами, в положении лицом к лицу. Другая форма полового взаимодействия (трение задами) происходит в качестве примирения между двумя самцами после конфликта, когда они стоят спина к спине и трутся мошонками. Такаёси Кано наблюдал подобную практику среди бонобо в естественной среде обитания.
Самки бонобо между собой также имеют половые отношения, возможно, для укрепления социальных связей друг с другом, которые образуют ядро общества бонобо. Связи среди самок позволяют им доминировать в обществе бонобо. Хотя самцы бонобо индивидуально сильнее, они не могут в одиночку противостоять объединившимся в группу самкам[16]. Подросток-самка часто оставляет родное сообщество, чтобы присоединиться к другому сообществу. Сексуальная связь с другими самками устанавливает этих новых самок в качестве новых членов группы. Эта миграция смешивает генофонд бонобо, таким образом обеспечивает генетическое разнообразие.