22 февраля 1949 года за проявленное во время Крещенского водосвятия в Саратове попустительство, имевшее последствием соблазнительное нарушение общественного приличия и т.п. Священный Синод сделал строгое замечание.
4 марта 1949 года переведен его на Чкаловскую и Бузулукскую кафедру.
В июне 1950 г. был командирован в Берлин для ознакомления с церковной жизнью Германской епархии. По результатам поездки Борис (Вик) и прот. В. Д. Шпиллер подготовили патриарху Алексию I доклад, в котором ставились вопросы о необходимости активизации церковной жизни в Западной Германии и о переустройстве епархии.
26 сентября 1950 года назначен епископом Берлинским и Германским.
24 октября 1951 года возведен в сан архиепископа, а 26 октября назначен временно исполняющим обязанности экзарха Московской Патриархии в Западной Европе.
При нем продолжился процесс возвращения русских эмигрантов в лоно Русской Православной Церкви. Владыка принимал меры по восстановлению и ремонту православных храмов в ГДР и Западном Берлине, в т. ч. Воскресенского кафедрального собора, кладбищенского храма святых равноап. Константина и Елены в Тегеле, епархиальных домов в Потсдаме и Берлине. В архиерейском доме в Берлине с апр. 1951 г. действовал домовый храм во имя прп. Сергия Радонежского. По инициативе владыки 1 января 1952 г. в Германии начал издаваться ежемесячный журнал «Голос Православия» (тираж 500 экз.), редакционную коллегию которого возглавил епископ. При архиерейском доме была организована демонстрация советских патриотических кинофильмов. Православная Германская епархия во главе с архиеп. Борисом была зарегистрирована в ГДР как единственная представительница Русской Церкви.
С 29 июля по октябрь 1954 года временно управлял Ярославской епархией.
С 11 ноября 1954 года - архиепископ Алеутский и Северо-Американский, экзарх Северной и Южной Америки и управляющий Краснодарской епархией.
31 декабря 1954 г. архиепископ прибыл в США с целью совершить поездку по епархии, посетил множество приходов в различных городах страны, 27 феврале следующего года был вынужден вернуться в СССР ввиду отказа правительства США продлить визу.
В середине 1950-х гг. владыка являлся постоянным участником международных конференций в защиту мира.
25 апреля 1956 года назначен архиепископом Херсонским и Одесским с поручением ему и временного управления Ворошиловградской епархии и с оставлением за ним звания экзарха Северной и Южной Америки.
С ноября 1958 по февраля 1959 г. находился в Нью-Йорке (США), проводил работу по налаживанию жизни Экзархата. Активная церковная деятельность владыки вызвала недовольство в Гос. департаменте США, и архиепископу было отказано в продлении визы.
25 февраля 1959 года возведен в сан митрополита.
С марта по август 1960 г. находился в США в связи с завершением капитального ремонта Никольского храма в Нью-Йорке, переданного решением Верховного суда США Московской Патриархии, вопреки притязаниям РПЦЗ. В октябре 1960 г. сопровождал патриарха Алексия I в поездке в Грузию и Армению.