Кромвель скоропостижно скончался в сентябре 1658 года от смертоносного сочетания малярии и брюшного тифа[39]. После его кончины лорд-протектором стал его старший сын Ричард, а самого Оливера похоронили с необычайной пышностью. Однако именно тогда в стране начались настоящий хаос, произвол и беспорядки.
Депутаты, испугавшись перспектив с таким положением в стране, 25 мая 1659 года принудили Ричарда уйти в отставку и призвали на трон Карла II, сына недавно казнённого короля Карла I. По приказу переизбранного парламента Англии, через три дня тело Кромвеля было эксгумировано вместе с телами Джона Брэдшо и Генри Айртона по обвинению в цареубийстве
для посмертной казни. 30 января 1661 года, в 12-ю годовщину казни Карла I, тела обвиняемых были провезены по улицам Лондона к виселице в Тайберне. Провисев несколько часов на всеобщем обозрении, тела были сняты, а головы помещены на 6-метровых шестах около Вестминстерского дворца. Интересно, что шест с головой Кромвеля был сломан во время бури в конце 1680-х, и голова была похищена при невыясненных обстоятельствах. В результате она находилась в руках частных коллекционеров и в музейных коллекциях вплоть до погребения 25 марта 1960 года в часовне Сидни-Сассекс-колледжа в Кэмбридже