Ну вот и проясняется из Вашего сообщения, что
Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Поход готовился и начинался в глубокой тайне. Все дороги были перекрыты под предлогом эпидемии чумы
и это в общем-то вполне объяснимо - царь не стал доводить до сепаратистов, перечня своих мероприятий по пресечению их сепаратистской деятельности - вполне разумный и тактически грамотный подход к делу. Кстати, насчёт чумы Вы ниже упоминаете:
Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Довершила дело эпидемия чумы, начавшаяся на Руси до погрома, а в Новгород пришедшая уже после него.
То есть чума всё же действительно была и противочумные кордоны - не надуманный предлог.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Собственно, там всё не с капиталов началось (конечно, если брать классическую историю, а не разнообразные её "шлифовки")
Началось всё традиционно для Ивановской России, с навета:
"Статейной список из сыскного из изменного дела… на ноугородцкого архиепискупа на Пимина...
Ну, положим, указание в "изменном деле" на "новогородцких дьяков, подъячих, гостей, владычних приказных, и на детей боярских…" на капиталы то как раз и указывает, вся эта публика существует либо как представител капитала, либо его обслуга. Да и участие клира в политических интригах и заговорах отнюдь не есть что-то из ряда вон выходящее - история полна подобными примерами. Так что плачь типа "как он мог поднять руку на священников" сам по себе, без разбора существа дела, беспредметен и лицемерен.
Идём далее:

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
2 января 1570 года передовой отряд опричников оцепил Новгород, занял городские монастыри, опечатав монастырскую казну.
Ну вобщем-то нонешние газеты полны описаниями того, как правоохранительные органы ведущие громкие дела с экономической или политической подоплёкой производят занятие офисов подозреваемых, опечатывание сейфов, изъятие документации и оргтехники - никто подобное каким-то особым злодейством не считает. В действиях опричников по сути тот же набор действий - что собственно необычного, если только не предварять перечень этих действий аксиомой о том, что "Иван Грозный - величайший злодей"? В итоге получается замкнутый и порочный круг - аксиома изначально задаёт соответствующую эмоциональную окраску тем или иным действиям царской власти, что в свою очередь как бы подтверждает базовую аксиому.
Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Сотни игуменов, старцев и священников были посажены под арест.
Куда? Тюрем на сотни мест тогда не строили - шибко дорого? И если проводили более менее массовые аресты, то в качестве мест предварительного заключения чаще всего именно монастыри и использовались. Так что в реале "аресты" игуменов, старцев и священников свелись всего лишь к запрещению оным покидать территорию монастырей которые и так были местом их жительства - опять же вполне разумная и отнюдь не сверхжестокая мера в том случае если у власти были обоснованные подозрения по поводу участия клира в политическом заговоре.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
6 января в город прибыл царь
В город он вошёл без боя, что, учитывая нравы и понятия средневековья, означает, что население города в большинстве своём враждебно царю не было - иначе б пришлось бы осаду вести.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
остановившийся на Торговой стороне, на Городище, где во времена Новгородской республики жили князья. Через два дня Иван Васильевич отправился в знаменитый собор Святой Софии.
Ага. Занимает свою штатную резиденцию в Новгороде и ещё два дюня ведёт расследование и проверку информации на месте. На хрена ему эта канитель коль скоро он просто пришёл резню учинять

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
На мосту через Волхов его торжественно встретил со свитой архиепископ Пимен. Царь демонстративно не принял благословения иерарха и громогласно обвинил новгородцев в измене.
Ну и что собственно в этом такого? Попробуйте всё же представить что заговор был (что тут собственно необычного) и что архиепископ в нём замешан. И что царь ему знаки уважения высказывать должен?

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Не обращая внимания на всеобщую растерянность и испуг, он отстоял службу в храме.
Чья растерянность и чей испуг? Кто в церкви присутствовал?- "Отцы города" знающие о своих грехах и о том что пришло время отвечать за базар. Вот только не надо их проблемы делать трагедией всего народа симпатии которого были отнюдь не на их стороне.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
На следующий день на Городище началась продолжавшаяся много дней расправа. Взрослых и детей пытали, привязывали к саням, волокли на «великий Волховский мост» и бросали в реку. Тех, кому удалось выплыть, заталкивали под лед палками. Репрессии обрушились прежде всего на окружение архиепископа, «приказных» (местных чиновников), богатых купцов, их родных и близких.... На купцов и духовенство была наложена громадная контрибуция, которую опричники в буквальном смысле слова выбивали из жертв в течение года. Символическое «покорение» города совсем не мешало вполне практическому пополнению не только карманов опричников, но и отощавшей государственной казны.
Ещё одно доказательство того, что причиной и объектом репрессий был достаточно ограниченный круг лиц, а к простонародью Новгорода Иван Грозный претензий собственно говоря не имел, а потому никах их репрессиями и незатронул.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Историки до сих пор спорят о количестве жертв погрома. Называются самые разные цифры — от полутора до сорока тысяч человек... «По Малютине скаске, — гласит Синодик, — новгородцев отделал тысящу четыреста девяносто человек, [и] ис пищали отделано 15 человек»...Кроме того, в Синодике названы сотни убитых, чьи имена известны. На самом деле погибших, конечно, было гораздо больше. Едва ли их кто-то и считал.
А собственно откуда такая уверенность, что жертв было больше, есть соответствующие документы, или просто так хочется думать? Да и логика интересная коль скоро "никто не считал" (достаточно спорное утверждение), то называй любую цифру хоть сорок тысяч - ненайденные архивы лучший источник информации.

Цитата Сообщение от Observerr Посмотреть сообщение
Но самое страшное началось в городе потом. На 1569—1570 годы пришелся страшный неурожай... привело к ужасному голоду, от которого погибло намного больше людей, чем от рук опричников... Довершила дело эпидемия чумы.
Вот они где Ваши сорок тысяч зарыты. Только причём тут террор со стороны власти. Методика очень похожая на сказки о хохломоре. когда наложившиеся, по времени, друг на друга, но при этом принципиально разные события совмещают в одно целое и вешают ответственность за них на своих политических противников - старо как мир.