Да был другой... ну может не язык, а манера изложения, стиль, иные грамматические формы... не знаю как правильно обозвать. Неохота мне шариться по сети, чтобы выискивать примеры (вон Волгарь приводил и хватит). На самом деле церковнославянский лексикон был просто недостаточен для выражения всех понятий, существовавших к 16 в.( да и ранее). Именно поэтому "бытовые" разделы "Домостроя", написанные на церковнославянском, "похожи" на него лишь грамматическими формами некоторых слов, а в остальном больше напоминают то, что Вы назвали "московским койне".
А современный "церковнослав" мне естественно ОЧЕНЬ сильно "напоминает" церковнославянский: во всяком случае на слух это он и есть.
По большому счету - ни с каким. Если его "родным" языком является особо специфическая диалектная форма, ему придется обучаться на языке большинства населения в регионе. В данном случае - на русском. Кстати, неплохо было бы, хотя бы на "краеведении" изучать и особенности местных диалектных форм.