Структура и внутренняя организация: в настоящее время организация возглавляется Дэвидом Мискавиджем, центр - в Лос-Анджелесе, духовное руководство - в Клируотере (Флорида), основная европейская база - в Копенгагене, директор московского центра - Владимир Куропятник, официальный представитель в РФ по связям с общественностью - Бирта Хельдт.
Церковь сайентологии - это международная, хорошо законспирированная организация, имеющая в своем составе службы разведки и контрразведки, безопасности, "этический суд" (внутренняя служба надзора за членами организации) и даже свои карательные службы, которые занимаются усмирением "непокорных" ("Отряды реабилитационных проектов" или ОРП). В ее структуре действует таинственная "Морская организация" ("Sea-Org", "Морконтора" или "Моорг"). По сути, это боевая и идеологическая элита сайентологов. Члены "Морконторы" проходят особо жесткую подготовку, а при вступлении в организацию при двух свидетелях заключают контракт, в котором клянутся в верности секте. Заключается он на один миллиард лет. Церковь сайентологии окружена множеством фронтовых организаций, созданных после 1966г., когда Хаббард написал: "Помните, церкви обычно воспринимаются как группы, занимающиеся социальным служением. И мы должны действовать как группа, занимающаяся социальным служением". Одни из них преимущественно занимаются пропагандой и созданием имиджа, другие - вербовкой новых членов, третьи - выкачиванием денежных средств.