В августе 1992 года, во главе отряда чеченских добровольцев, отправился в Абхазию для участия в грузино-абхазском конфликте на абхазской стороне. Официально отряд добровольцев из Северного Кавказа участвовал в боевых действиях как вооружённое подразделение Конфедерации народов Кавказа (КНК). В Абхазии Басаев хорошо проявил себя во время боёв с грузинскими частями, был назначен командующим Гагрским фронтом, командующим корпусом войск КНК, заместителем министра обороны Абхазии, советником главнокомандующего вооружёнными силами Абхазии [8]. Отряд Басаева был в авангарде абхазских войск во время штурма г. Гагры. Получил звание подполковника войск КНК. За особые заслуги президент Абхазии Владислав Ардзинба наградил Басаева орденом «Герой Абхазии» [8].
В начале 1993 года вернулся в Грозный и сформировал отдельный боевой отряд из чеченцев, принимавших участие в боевых действиях на территории Абхазии (впоследствии стал известен как «Абхазский батальон»). Во время политической борьбы между президентом Дудаевым и оппозицей выступал посредником на переговорах.