Балистическая ракета имеет активный участок траектории, на которой работают двигатели и происходит коррекция наведения. Далее идёт полёт подобно брошенному камню и лишь на последнем участке идёт "запуск" боеголовок с платформы или просто их разделение.
Антиракета наводится по данным РЛС и по работающему двигателю. У "Искандера" двигатели работают всё время.
Потому и нужно будет перед пуском "Искандеров" зачистить небо от разных "воздушных" платформ.