1. Порты скайп выбирает сам, их кластер серверов слушает вайлкард порты
2. Скайп работает через любой прокси строит себе HTTP тунель и вперед.
3. Скайп может работать как ретранслятор для других скайпов.
Но например iptables могут вырезать пакеты авторизации скайпа чего собсно и достаточно.
Есть железяки для прослушки скайпа например FaceTime.
Да забыл надо тогда запретить Yahoo, GoogleTalk, MSN что еще.. а куча IP телефонии разного рода софтверной и хардверной.
На мой взгляд задача неподъемная.