Плохо сюжет изучали.
Смотрите кино дальше, и тогда вам откроется, что главный злодей в этой игре ни кто иной, как американский генерал.
Который спелся российскими террористами (в основном - чеченами) и поставил им американца (как раз того, за которого мы играем в этой миссии) и которого те в конце миссии шлепнут "в награду". Ровно для того чтобы спровацировать нападение России на США. Которое тот генерал успешно отразит и будет "весь в белом" у себя на родине.
Без этой миссии по сюжету вообще не понятно, с чего бы России нападать на США.
А так - труп американского агента найден на месте террористической акции и совершенно точно известно, что он в ней участвовал.
Далее, "Захаевский" аэропорт это никак не шереметьевский, а скорее переименованый домодедовский, ибо судя по ролику он находится на юге от Москвы.
И, да, в той миссии вовсе не обязательно убивать гражданских.
И то, что в конце миссии ГГ убивают террористы тоже правильная мораль: не водись с террористами - они убьют тебя.
Т.ч. все вполне логично и связно.