Во-первых, это не действующий устав, он вступает в силу с 1 января 2010 года.
Во-вторых, вот что касается выборов президента:
В случае если Правительство Российской Федерации принимает решение о неутверждении в
должности президента академии, избранного общим собранием академии, вновь избранный
президиум академии назначает исполняющим обязанности президента академии из состава
избранных первого вице-президента академии и вице-президентов академии. Новые выборы
президента академии должны состояться не позднее 6 месяцев с даты принятия
Правительством Российской Федерации указанного решения.
То есть достаточно просто не утвердить - и все начинается сначала. Теоретически академики могут досрочно переизбрать президента и весь состав президиума, но это приведет к тому же самому утверждению нового президента правительством.