Вообще-то, применяемый в системе пожаротушения фреон-114 В2 становится токсичным только при контакте с открытым огнем. А без пламени в отсеке с отработавшим туда баллоном ЛОХ можно находиться вполне безопасно (одна из причин, по которой эта система и была принята). Кстати, заполняет эту систему в заводе отнюдь не экипаж корабля. А уж проконтролировать, что именно заводчане налили в баллоны системы не так уж просто...
А военная приемка подключается к процессу на последнем этапе, уже после заводских испытаний