Не надо изобретать не существующих причин. Там причина была всего одна, самая элементарная: их просто убивали. ФИЗИЧЕСКИ УНИЧТОЖАЛИ. Все лозунги о свободе и независимости появились уже позже...
Это - не с чужих слов. Брат там был долго (я - поменьше). Он, к тому же, лично хорошо знал и семейство Ардзинба, и братьев Басаевых...