Туполев был арестован в октябре 1937 г. Ему и авиаконструктору В.М. Петлякову было предъявлено обвинение в организации и руководстве «Русско-фашистской партии». Под угрозой ареста родных он «сознался», что с 1924 г. являлся французским шпионом (жену и сына все равно арестовали). В феврале 1939 г. еще не осужденного Туполева перевели из Бутырской тюрьмы в подмосковный дачный поселок Болшево, где в лесу за забором с вышками размещалось "Особое техническое бюро при НКВД СССР" (так называемая «шарашка»).
Когда Туполева доставили в Болшево, там уже работала сильная группа зеков-авиационников: известные конструкторы В. Петляков, В. Мясищев, Р. Бартини, И. Неман, вооруженец А. Надашкевич, моторист К. Минкнер, многие сотрудники Туполева по ЦАГИ... Вскоре авиационная часть болшевской шараги перебазировалась в Москву...
Заочный суд над Туполевым и его соратниками состоялся лишь в мае 1940 г. Почти все получили по десять лет и пять лет поражения в правах. Пришлось переименовывать самолет АНТ-25.
Однако в июле Туполев и двадцать его сотрудников неожиданно были досрочно освобождены со снятием судимости.2 Полностью он был реабилитирован только в 1955 г., после смерти Сталина. Туполев провел за решеткой 1376 дней (Голованов Я. Золотая клетка //Литературная газета. 1988. 9 ноября).
Многие считают, что Туполева спасла надвигавшаяся война. Сталин был прагматиком — представителей научно-технической интеллигенции наказывал выборочно.3
«Почему сидели Туполев, Стечкин, Королев?» — спросил как-то Ф. Чуев у Молотова.
«Они все сидели,— ответил Вячеслав Михайлович. — Много болтали лишнего. И круг их знакомств, как и следовало ожидать... Они ведь не поддерживали нас...
Туполевы — они были в свое время очень серьезным вопросом для нас. Некоторое время они были противниками, и нужно было еще время, чтобы их приблизить к Советской власти... И не считаться с тем, что в трудный момент они могут стать особенно опасны, тоже нельзя. Без этого в политике не обойдешься. Своими руками они коммунизм не смогут построить...
Иван Петрович Павлов говорил студентам: „Вот из-за кого нам плохо живется!" — и указывал на портреты Ленина и Сталина. Этого открытого противника легко понять. С такими, как Туполев, сложнее было. Туполев из той категории интеллигенции, которая очень нужна Советскому государству, но в душе они — против, и по линии личных связей они опасную и разлагающую работу вели, а даже если и не вели, то дышали этим. Да они и не могли иначе!» (Чуев Ф. Солдаты империи. М., 1998. С. 141)
Ответить с цитированием