Один из руководителей операции советского правительства по продаже за рубеж сокровищ императорской фамилии, Оружейной палаты и Алмазного фонда (в том числе таким путём были проданы пасхальные яйца, изготовленные К. Г. Фаберже). Из Наркомвнешторга уволен со строгим партийным выговором за систематическое раскрадывание ценных мехов (которые дарил своим многочисленным любовницам).
В 1921 г. Войков возглавил советскую делегацию, которая должна была согласовать с Польшей выполнение Рижского мирного договора. Стремясь установить дипломатические отношения любой ценой, он передавал полякам русские архивы, библиотеки, предметы искусства и материальные ценности.