После переписи 1897 года никаких сравнимых по масштабу исследований не проводилось, а то, что проводилось - не сведено к одной методике. Ну, может ещё 1908 год можно взять, как наиболее полный и "стандартизированный".

При попытке оценить грамотность в РИ вылазят следующие проблемы:
1. Методика оценки, в т.ч. методика экстраполяции результатов.
2. Охват исследования - впрочем, это, наверное, подпункт п.1.
3. Что считать грамотностью? Умение читать - бегло или по складам? Умение писать (диктант)? Умение поставить подпись?
4. Неравномерность по территориям (в разы).
5. Одна из основных проблем - банальные приписки, так как уровень грамотности на рубеже 19-20вв. был настолько позорным для такой страны как Россия, что ликвидация безграмотности стала "делом чести". Вот и старались показать товар лицом.