Смена высшего политического руководства в России привела к очередному сдерживанию процесса интеграции. Владимир Путин долго присматривался к своему партнёру, пока в 2002 году президент Белоруссии не представил новую инициативу,
согласно которой союзным государством президенты могут руководить по очереди. Путин сначала отверг эту идею напрочь (заявив, что возврата к СССР не будет), а в августе 2002 предложил свой собственный план действий — в мае 2003 года провести референдум по союзной конституции, а через полгода, одновременно с российскими парламентскими выборами, провести выборы союзного парламента и президента.
Путин предложил при формировании руководящих органов союзного государства учитывать экономический вес и численность населения участников. Александру Лукашенко фактически предлагался вариант вхождения Белоруссии в состав России, а ему самому — должность полномочного представителя Президента Российской Федерации в Белорусском федеральном округе. В ответ на это Лукашенко обвинил Путина в попытках превратить Белоруссию в «90-й субъект Федерации» (а точнее — в 6-7 новых субъектов федерации (по количеству областей), которые потеряли бы единство): «Даже Ленин и Сталин не додумались до того, чтобы раздробить Белоруссию и включить в состав СССР».