В конечном итоге, абвер напрямую подчинялся Oberkommando der Wehrmacht - Верховному главнокомандованию Вермахта. А Верховным Главнокомандующим Вермахта с 1938 по 1945 год , согласно штатному расписанию был фюрер и рейс-канцлер Адольф Гитлер.
А с Шелленбергом Вы как часто случается мимо кассы. Он и Канарис служили в параллельных службах. И разных ведомствах. Хотя арестовывал его да, лично Шелленберг.