Залежи железных руд находятся в районе хребта Джетим-Тоо, но, руды бедные, с содержанием железа 30-33%. Общие запасы её оцениваются в 5 млрд. тонн. Железомарганцевое оруднение есть на территории Срединного Тянь-Шаня. Медные руды имеют очень сложный вещественный состав, так как в процессе их образования происходило наложение друг на друга железа, меди, платины, молибдена, висмута, золота и др. составляющих. Повсеместно в стране обнаружены свинцово-цинковые руды, среди которых выделяют две генетические группы – гидротермальные и стратиформные. Более многочисленными являются первые месторождения, с высокой концентрацией металла. Особенно эти месторождения распространены в Северной Киргизии. Месторождения второй группы свинцово-цинковых руд – Сумсар, Кара-Ункюр, Ак-Башат. Вещественный состав этих руд простой. В Срединной и Южной части Тянь-Шаня распространены молибден-ванадиевые руды. Молибден и ванадий содержится в руде равномерно, но содержание полезных веществ низкое, часто отмечается наличие фосфора, свинца, меди. В составе Южно-Тяныпанского бокситового пояса находятся залежи бокситов. Небольшие выходы бокситов отмечаются в пределах Южной Ферганы. По запасам золота, сурьмы, ртути, олова и редкоземельных металлов Киргизия занимает выдающиеся позиции. Для экономики страны большое значение имеют месторождения золота. Промышленное значение имеют более 30 его месторождений. Уникальное месторождение Кумтор, расположенное на северо-западном склоне хребта Акшийрак, является важнейшим. Месторождение расположено на высоте 4000 м и в советское время не разрабатывалось как неэффективное. Добыча золота началась только в 1997 г с участием канадского капитала. Запасы второго по значимости месторождения золота – Джеруй, оцениваются в 79,5 тонн. Располагается оно на высоте 3000-3600 м в горах Таласского Ала-Тоо. Все
подтвержденные запасы золота оцениваются в 450 тонн – это 4-е место в СНГ и 22-е место в мире. Подтвержденные запасы вольфрамовых руд оцениваются в 40 тыс. тонн и находятся они в пределах Внутреннего Тянь-Шаня – Кумбельское, Кашка-Суйское, Кен-Суйское, Турегельдинское месторождения. Все складчатые области страны имеют оловянные руды. Встречается олово и в комплексных рудах – месторождение Чат-Карагайское, Сары-Булакское. Олово на этих месторождениях идет вместе с цинком, свинцом и медью.
Подтвержденные запасы олова оцениваются в 215 тыс. тонн, а это 9-е место в мире. Есть в Киргизии запасы ртути, сурьмы, горно-химического сырья – серы, пирита, флюорита, барита, каменной соли.