В 2010 году набор студентов не проводился. Приказом МО РФ № 993 от 20.07.2010 года и Директивой ГШ № 314/10/2697 от 23.07.2010 года подписаны решения о расформировании Военного финансово-экономического института.
Все курсанты и материальная база переводятся в Москву в состав Военного университета как финансово-экономический факультет. Большинство курсантов будут жить в Лефортово, часть — в Хамовниках. Офицерам расформировываемого вуза предоставят в Москве жильё, а гражданским преподавателям нет, в связи с чем большинство из них вынуждено будет остаться в Ярославле и искать новую работу. 1 сентября начнёт работать группа ликвидации. 1 октября 2010 года заведение закроют.