Все большую роль на флоте играет флотилия подводных лодок. На ее вооружении стоят три подводные лодки «Долфин», «Левиафан», «Текума». Они могут совершать автономные плавания в любой район Мирового океана. Эксперты GlobalSecurity предполагают, что эти субмарины могут быть вооружены крылатыми ракетами с ядерными боеголовками. По мнению этих экспертов, в мае 2000 года Израиль тайно провел морские ракетные испытания – ракеты стартовали с борта подлодки в Индийском океане и поразили цели на расстоянии примерно в 1500 километров.
Согласно иностранным источникам, подводные лодки типа Dolphin должны обеспечить доктрину гарантированного возмездия в случае нападения на Израиль с использованием оружия массового поражения. Ничто не мешает применить их и для превентивного удара по ядерным целям в Иране.
В октябре 2009 года боевой состав флотилии пополнился еще двумя подводными лодками типа Dolphin, построенные на верфях HDM в германском городе Киль. Подводные лодки являются модификацией подлодок U212 и разработаны специально для Израиля.
Контракт на их постройку был подписан в 2006 году. Водоизмещение субмарин типа U212 составляет 1450 тонн на поверхности и 1830 под водой, длина - 55,9 метра, ширина 7 метров, осадка в надводном положении - 6 метров. Силовая установка лодки состоит из дизельного двигателя мощностью 4245 лошадиных сил и электромоторов подводного хода мощностью 3875 сил. Глубина погружения достигает 300 метров, экипаж состоит из 35 человек.
Новые подлодки станут самыми дорогими боевыми системами в составе вооруженных сил Израиля и оцениваются в более чем 700 миллионов долларов каждая. После того, как они войдут в строй, Израиль будет обладать одним из самых мощных подводных флотов в средиземноморском регионе.
6 января 2010 года газета "Маарив" сообщила, что израильское руководство достигло договоренности с правительством Германии о закупке еще одной подводной лодки класса "Дельфин" в дополнение к пяти, уже находящимся на вооружении ЦАХАЛа.