Собственники компании: 35,6 % акций напрямую и ещё 8,2 % через компанию «Телекоминвест» принадлежат шведско-финской компании TeliaSonera, 8 % напрямую и 23,1 % через «Телекоминвест» — компании «АФ телеком холдинг» Алишера Усманова, 25,1 % — «Альфа-групп».
«МегаФон» (в отличие от других компаний Большой тройки) не является публичной компанией, поэтому в силу недостаточно высокого уровня корпоративного управления, компания не публикует в достаточном объеме финансовую информацию о своей деятельности (например, ежеквартальные отчеты эмитента ценных бумаг), как это предусмотрено законодательными актами Российской Федерации.
В начале 2000-х гг. в СМИ появлялась информация о том, что фактическим владельцем компании якобы является министр связи Леонид Рейман[8], однако эта информация опровергалась самим министром и не нашла подтверждения[9]. Тем не менее, в мае 2006 года арбитражный трибунал в городе Цюрихе в своем решении признавал[10] Леонида Реймана бенефициарным владельцем большей части блокирующего пакета акций компании.
В мае 2008 года появилась информация о том, что Джеффри Гальмонд, называемый лицом, контролирующим «Телекоминвест» и фонд IPOC, договорился о продаже принадлежащих фонду 8 % акций «МегаФона» и 58,9 % «Телекоминвеста» «АФ телеком холдингу» российского предпринимателя Алишера Усманова. По окончании сделки Усманов получит контроль над 39,3 % акций оператора сотовой связи. Ориентировочная сумма сделки — не менее $5 млрд.[11]
Генеральный директор компании — Сергей Солдатенков.