Число погибших было так велико не только из-за условий содержания заключенных, но и из-за массовых расстрелов. Гитлеровцы убивали тяжелораненых советских солдат, чтобы освободить германскую армию от необходимости заботиться о них. Германские власти постоянно призывали военных предпринимать "энергичные и безжалостные меры" и "без колебаний применять оружие", чтобы "пресекать любые признаки сопротивления" со стороны советских военнопленных. В тех, кто пытался бежать, стреляли без предупреждения. Более того, изданный 8 сентября 1941 года приказ, гласивший, что использование оружия против советских военнопленных "как правило, рассматривается как правомочное", по сути дела разрешал германским военным безнаказанно убивать пленных советских солдат.
В середине июля 1941 года генерал Герман Райнеке, отвечающий в Верховном командовании германских вооруженных сил за дела военнопленных, позволил сотрудникам Главного управления имперской безопасности производить проверку советских заключенных в лагерях для военнопленных с целью выявления "политически и расово недопустимых элементов". Такие заключенные передавались под юрисдикцию СС и убивались. Это привело к резкому увеличению числа жертв, поскольку "недопустимыми элементами" считались не только "все высокопоставленные государственные и партийные работники", но также и "все интеллигенты, все фанатичные коммунисты и все евреи".